Αν το νερό που απορροφά περιέχει συνεχώς θρεπτικά άλατα και ηλεκτρολύτες-από την εφαρμογή υδατοδιαλυτών χημικών λιπασμάτων-το φυτό αναγκάζεται να αποθηκεύει τις ουσίες αυτές στα κύτταρά του. Διαφορετικά θα οδηγούσε σε σχηματισμό κρυστάλλων τους στα σημεία εξάτμισης του νερού(από τους πόρους της κάτω πλευρά του φύλλου) και θα βλάπτονταν τα γειτονικά των πόρων κύτταρα. Η υπερσυγκέντρωση όμως των αλάτων στα κύτταρα θα σταματούσε τις λειτουργίες τους οδηγώντας τα στο θάνατο. Έτσι το φυτό αναγκάζεται να αποθηκεύει όλο και μεγαλύτερη ποσότητα νερού. Κάθε κύτταρο γίνεται δυσανάλογα ογκώδες και η σοδειά είναι γεμάτη νερό και άλατα, με λίγα κυτταρικά τοιχώματα και ελάχιστα από τα φυσικά τους στοιχεία.
Από οικονομική άποψη αυτό είναι καλό για τον γεωργό γιατί έχει πολύ βάρος και ποσότητα να πουλήσει στην αγορά, ανεξάρτητα αν η ποιότητα της σοδειάς είναι χαμηλή(στην ουσία πουλά νερό και άλατα). Το γεγονός όμως ότι τα κυτταρικά τοιχώματα δεν είναι αρκετά χοντρά και σκληρά και ότι τα φυτά θα είναι ευάλωτα και θα έχει έτσι αυξημένο πρόβλημα προσβολών από παράσιτα και μύκητες, δεν τον ενδιαφέρει και πολύ γιατί έχει τα αντίστοιχα φυτοφάρμακα από τις εταιρείες με τα οποία θα τα καταπολεμήσει. Αυτό όμως οδηγεί σε ακόμα παραπέρα υποβάθμιση της ποιότητας της παραγωγής του μέσω των τοξικών κατάλοιπων των φυτοφαρμάκων, αλλά και σε μείωση του εισοδήματός του, λόγω του κόστους των βιοκτόνων που θα χρησιμοποιήσει.
Η διαθεσιμότητα πάντως του νερού είναι ένας από τους βασικούς παράγοντες που ρυθμίζουν την παραγωγικότητα στη γεωργία. Εξαρτάται από τον γενικότερο κύκλο του νερού σε κάθε περιοχή(συνίσταται συνήθως από τα ακόλουθα στάδια: εξάτμιση (από τις λίμνες, τα ποτάμια και τους ωκεανούς), διαπνοή από φυτά και δέντρα, υγροποίηση(σχηματισμός σύννεφων), κατακρήμνιση(βροχή, χιόνι, χαλάζι), διαφυγή ή επιστροφή πίσω στον κύκλο. Έχουν εκφραστεί σοβαρές περιβαλλοντικές ανησυχίες για τη χρήση του νερού στη γεωργία μέσω της άρδευσης, ιδιαίτερα στις Μεσογειακές χώρες. Στις περιοχές όπου η χρήση υπερβαίνει το ρυθμό ανεφοδιασμού και η στάθμη νερού μειώνεται οι περιβαλλοντικές συνέπειες μπορούν να είναι σοβαρές, π.χ. ερημοποίηση ή αλάτωση από το θαλάσσιο νερό που εισβάλλει στον υδροφόρο ορίζοντα, και απώλεια της βιοποικιλότητας ως αποτέλεσμα της αλλαγής στη ροή των κοιτών(βλέπε π.χ. εκτροπή Αχελώου). Η άρδευση μπορεί να οδηγήσει στη μόλυνση των υδάτων λόγω της αυξημένης συγκέντρωσης των φυτοφαρμάκων και των θρεπτικών ουσιών στο νερό που απορρέει. Επιπλέον, απαιτούνται ακόμα μεγαλύτεροι πόροι για την άντληση του νερού από τις βαθύτερες γεωτρήσεις.
Σχετικά με την ποιότητα νερού, η συμβατική γεωργία είναι μια σημαντική πηγή νιτρικών και φωσφορικών αλάτων στο νερό. Αυτό μπορεί να οδηγήσει στον ευτροφισμό, με τα επακόλουθα σοβαρά αποτελέσματα στο φυσικό περιβάλλον, και στη συγκέντρωση νιτρικών αλάτων στις πηγές πόσιμου ύδατος, επιφανειακού και υπόγειου(Το 87% των αγροτικών περιοχών στην Ευρώπη έχουν συγκέντρωση νιτρικών στα υπόγεια ύδατα που υπερβαίνει το ασφαλές όριο των 25 mg/l, και το 22% βρίσκεται πάνω από την μέγιστη επιτρεπτή συγκέντρωση των 50 mg/l..).
Για την αποκατάσταση αυτού του προβλήματος χρειάζονται γενικότερα εκτενή μέτρα που δεν είναι δυνατόν να ληφθούν στα πλαίσια του αγροοικοσυστήματος και περιγράφονται στην οδηγία της ΕΕ για τα νιτρικά άλατα. Κάποιες προσωρινές λύσεις είναι η χρήση ποικιλιών ανθεκτικών στα άλατα, η χαμηλής έντασης άρδευση, κάποια εδάφη μπορεί να χρειαστεί να παραμείνουν ακαλλιέργητα ή να οδηγηθούν σε άλλες χρήσεις, όπως π.χ. στην παραγωγή ανθεκτικών στην ξηρασία φυτών για ζωοτροφή, στην αποκατάσταση των φυσικών βιότοπων κ.λ.π. Σε κάθε περίπτωση εκείνο που θα είναι απαραίτητο είναι ο βιολογικός καθαρισμός των υγρών αποβλήτων από τις ανθρώπινες εγκαταστάσεις(κατοικίες του ανθρώπινου δυναμικού που θα έχει εγκατασταθεί στο αγρόκτημα) και από τις αντίστοιχες ζωϊκές εγκαταστάσεις καθώς και η εξοικονόμιση και ο σωστός τρόπος άρδευσης.