Όπως αναφέρει το ΑΠΕ-ΜΠΕ, η πρόταση εστιάζει σε τρεις κύριους στόχους: στη διατήρηση της εμπιστοσύνης των καταναλωτών, στη διατήρηση της εμπιστοσύνης των παραγωγών και στη διευκόλυνση των αγροτών να στραφούν προς τη βιολογική παραγωγή. Σκοπός είναι να παραμείνει η βιολογική παραγωγή πιστή στις αρχές και στους στόχους της, ώστε να ανταποκρίνεται στις προσδοκίες του κοινού, σχετικά με την περιβαλλοντική προστασία και την ποιότητα. Ειδικότερα, με την πρόταση της Επιτροπής:
-θα ενισχυθούν και θα εναρμονιστούν οι κανόνες, τόσο για τα ευρωπαϊκά όσο και για τα εισαγόμενα προϊόντα, με την κατάργηση ορισμένων εξαιρέσεων που ισχύουν σήμερα, όσον αφορά στην παραγωγή και τους ελέγχους·
-θα ενισχυθούν οι έλεγχοι, καθώς θα πραγματοποιούνται βάσει ανάλυσης των κινδύνων·
-θα διευκολυνθούν οι μικροκαλλιεργητές στη μετάβασή τους προς τη βιολογική γεωργία, καθώς θα τους προσφέρεται η δυνατότητα να ενταχθούν σε σύστημα ομαδικής πιστοποίησης·
-θα ληφθεί περισσότερο υπόψη η διεθνής διάσταση του εμπορίου βιολογικών προϊόντων, με την προσθήκη νέων διατάξεων για τις εξαγωγές βιολογικών προϊόντων,
-θα απλουστευτεί η νομοθεσία ώστε να μειωθεί το διοικητικό κόστος και να βελτιωθεί η διαφάνεια.
Για να βοηθηθούν οι γεωργοί, οι παραγωγοί και οι έμποροι λιανικής πώλησης βιολογικών προϊόντων να προσαρμοστούν στις προτεινόμενες αλλαγές και να αντιμετωπίσουν τις μελλοντικές προκλήσεις, η Επιτροπή ενέκρινε επίσης ένα σχέδιο δράσης για το μέλλον της παραγωγής βιολογικών προϊόντων στην Ευρώπη.
Σύμφωνα με το σχέδιο, παρέχεται στους αγρότες καλύτερη ενημέρωση για την αγροτική ανάπτυξη και τις πρωτοβουλίες της γεωργικής πολιτικής της ΕΕ για τη στήριξη της βιολογικής παραγωγής, ενισχύονται οι δεσμοί μεταξύ των ευρωπαϊκών προγραμμάτων έρευνας και καινοτομίας, αφενός, και βιολογικής παραγωγής, αφετέρου, και προωθείται η κατανάλωση βιολογικών προϊόντων, π.χ. στα σχολεία ή στο πλαίσιο δημόσιων συμβάσεων.